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本書(shū)是編者在給生物、食品相關(guān)專(zhuān)業(yè)學(xué)生講授生物信息學(xué)課程的基礎(chǔ)上整理編撰而成的。全書(shū)共有15章，第1-2章分別為生物學(xué)與計(jì)算機(jī)的基礎(chǔ)知識(shí)；第3-10章介紹DNA、RNA以及蛋白質(zhì)序列分析，為生物信息學(xué)的基本理論與方法；第11-15章介紹下一代測(cè)序（NGS）數(shù)據(jù)分析方法及其應(yīng)用，如基因組組裝、基因變異檢測(cè)、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）、宏基因組學(xué)等。

第1章分子生物學(xué)基礎(chǔ)
1.1生命的基本物質(zhì)
1.2基因表達(dá)遺傳信息的流動(dòng)
1.3生物序列處理
第2章計(jì)算機(jī)技能基礎(chǔ)
2.1文本編輯器
2.2網(wǎng)絡(luò)搜索
2.3常用生物軟件
2.4Windows 10的Linux子系統(tǒng)安裝與使用
第3章生物數(shù)據(jù)庫(kù)
3.1NCBI綜合數(shù)據(jù)庫(kù)
3.2一級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)與二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)
3.3NCBI查找胰島素基因序列
第4章序列比對(duì)（alignment）
4.1序列比對(duì)基礎(chǔ)
4.2動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法（dynamic programming）
4.3全局比對(duì)與局部比對(duì)
4.4多重序列比對(duì)
4.5雙序列比對(duì)實(shí)踐
4.6BioEdit進(jìn)行多序列比對(duì)、編輯與美化
第5章序列數(shù)據(jù)庫(kù)搜索（BLAST）
5.1BLAST算法
5.2NCBI網(wǎng)站BLAST搜索
5.3本地BLAST
第6章系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(Phylogenetic Tree)
6.1分子系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的基本概念
6.2分子系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建方法
6.3MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)實(shí)訓(xùn)
第7章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
7.1蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的確定方法
7.2蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)
7.3蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)可視化
7.4蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的同源建模
第8章PCR引物設(shè)計(jì)（PCR Primer Design)
8.1引物設(shè)計(jì)原則
8.2實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)的原理與方法
8.3Primer Premier5的使用
第9章DNA測(cè)序（DNA Sequencing)
9.1DNA測(cè)序方法
9.2堿基讀�。˙ase Calling)
9.3Sanger測(cè)序結(jié)果分析
第10章基因組學(xué)
10.1基因組測(cè)序策略
10.2基因組組裝與注釋
10.3模式生物基因組
10.4微生物基因組比對(duì)與可視化
第11章下一代測(cè)序基礎(chǔ)
11.1NGS測(cè)序文庫(kù)制備
11.2Ilumina測(cè)序原理
11.3NGS數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制
11.4測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析實(shí)踐
第12章全基因組重測(cè)序(Whole Genome Resequencing)
12.1短讀段比對(duì)（Reads Mapping)
12.2變異識(shí)別（Variants Calling)
12.3全基因組重測(cè)序分析實(shí)踐
第13章基因組組裝（Genome Assembly）
13.1基因組組裝的影響因素及測(cè)序策略
13.2序列組裝過(guò)程
13.3組裝質(zhì)量的評(píng)價(jià)
13.4基因組組裝實(shí)踐
第14章轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq)
14.1RNA-Seq實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)及測(cè)序策略
14.2RNA-Seg數(shù)據(jù)分析流程
14.3RNA-Seq數(shù)據(jù)分析實(shí)踐
第15章宏基因組學(xué)（Metagenome)
15.1基于NGS的兩種宏基因組研究策略
15.2實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與測(cè)序的影響因素
15.3擴(kuò)增子測(cè)序數(shù)據(jù)分析
15.416S rDNA擴(kuò)增子數(shù)據(jù)分析實(shí)踐
參考文獻(xiàn)