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本書共19章。詳細介紹了以下內容：不同類型環境，包括海水環境、低溫及堿性極端環境、植物內生環境等樣本的DNA/RNA提取及宏基因組文庫構建技術；從核酸、脫氧核酸、蛋白質三個角度分析環境微生物代謝活性；通過宏基因組測序獲得功能基因分類及多樣性的方法；從基因組學技術層面介紹復雜微生物群落的研究方法，以及挖掘活性基因（如有機物降解基因）及其表達的技術與工具；高通量地篩選活性酶基因如水解酶、纖維素酶、新型PHA代謝酶、磷酸酶、氫化酶、N-AHSL干擾酶等的方法；如何挖掘增加微生物次級代謝的信號。