本書是Springer/Humana出版社出版的《分子生物學方法》（Methods in Molecular Biology）系列叢書之第2456卷，主要介紹了基于質譜分析的蛋白質組學技術在系統生物學研究中的應用，著重于技術方法，輔以相關理論及注意事項。在研究對象方面，涵蓋了目前生物或醫藥研究領域常用的細菌、真菌、植物、動物和人類等物種；包括了組織、細胞、細胞器、分子等不同層面的蛋白質組學，還包括了健康（生理）或疾病（病理）狀態下蛋白質組的變遷。在研究過程方面，從起初的樣本制備（甚至更早期的植物樣本培育），到中間的樣本處理和檢測、數據采集和分析，再到最后的深度挖掘，給讀者一個全鏈條的逐步操作指南。對于一些重要的操作環節，則通過“注釋”的方式進一步拓展，幫助更深入地了解相關步驟的關鍵或其理論支撐。本書除作為蛋白質組學專業人員或質譜領域技術人員的操作指南外，還可幫助其他專業領域的人員如何通過該技術解決本專業遇到的技術問題。
先后主持國家自然科學基金面上項目五項、973前期研究專項和山東省杰出青年基金各一項。
目錄
第一章 蛋白質組學實驗流程中的隱蔽成本 1
Aicha Asma Houfani and Leonard James Foste
第二章 基于dia-PASEF技術和高通量質譜的蛋白質組學 9
Patricia Skowronek and Florian Meier
第三章 小鼠腦組織去垢劑不溶性蛋白質的分離及數據非依賴性采集定量分析 18
Cristen Molzahn, Lorenz Nierves, Philipp F. Lange, and Thibault Mayor
第四章 嚙齒動物肺組織樣品制備和鳥槍法蛋白質組學分析 33
Hadeesha Piyadasa, Ying Lao, Oleg Krokhin, and Neeloffer Mookherjee
第五章 用于細菌蛋白質組學分析的蛋白質純化和消化方法 40
Nicole Hansmeier, Samrachana Sharma, and Tzu-Chiao Chao
第六章 利用靶向胞膜的Subtiligase繪制細胞表面蛋白水解圖譜 46
Aspasia A. Amiridis and Amy M. Weeks
第七章 組織和液體活檢樣本的N末端組學 55
Anthonia Anowai, Sameeksha Chopra, Barbara Mainoli,Daniel Young, and Antoine Dufour
第八章 HUNTER：通過N端富集對微量樣本蛋白水解系統進行表征的高靈敏自動方案 62
Anuli C. Uzozie, Janice Tsui, and Philipp F. Lange
第九章 胰島的磷酸化蛋白質組學和細胞器蛋白質組學 80
Ozum Sehnaz Caliskan, Giorgia Massacci, Natalie Krahmer, and Francesca Sacco
第十章 真菌病原體全磷酸化譜分析及磷酸化蛋白質組學樣品制備 91
Brianna Ball, Jonathan R.Krieger, and Jennifer Geddes-McAlister
第十一章 以糖肽為中心的微生物糖蛋白質組表征方法 99
Nichollas E. Scott
第十二章 利用多蛋白質組學數據開展整合集成網絡探究 111
Rafe Helwer and Vincent C. Chen
第十三章 啤酒酵母分子復合體的單步親和純化方法及靶向交聯質譜分析 119
Christian Trahan and Marlene Oeffinge
第十四章 微管相關蛋白結構分析的交聯質譜方法 135
Atefeh Rafiei and David C. Schriemer
第十五章 應用生物素鄰近標記技術對核受體進行互作組學作圖 143
Lynda Agbo, Sophie Anne Blanchet, Pata-Eting Kougnassoukou Tchara, Amélie Fradet-Turcotte,and Jean-Philippe Lambert
第十六章 通過蛋白質組學數據庫挖掘揭示功能性假基因 155
Anna Meller and Francois-Michel Boisvert
第十七章 細菌病原體-宿主互作蛋白質組學分析揭示新型抗菌策略 162
Arjun Sukumaran and Jennifer Geddes-McAlister
第十八章 沙門菌感染致小鼠巨噬細胞“修飾膜”蛋白質組學解析 169
Tzu-Chiao Chao, Samina Thapa, and Nicole Hansmeier
第十九章 互作蛋白質組學在分子制藥中的應用 177
Ni cholas Prudhomme, Jonathan R.Krieger, Michael D. McLean,Doug Cossar, and Jennifer
Geddes-McAlister
第二十章 對小麥赤霉病發病機制的無標記定量蛋白質組學分析 185
Boyan Liu, Danisha Johal, Mitra Serajazari, and Jennifer Geddes-McAlister
第二十一章 數據非依賴型采集蛋白質組學和機器學習幫助快速鑒定生物樣本中的細菌類別 193
Florence Roux-Dalvai, Mickael Leclercq, Clarisse Gotti, and Arnaud Droit
第二十二章 新型生物信息學策略促進動態宏蛋白質組學研究 206
Caitlin M. A. Simopoulos, Daniel Figeys, and Mathieu Lavallée-Adam
第二十三章 MaxQuant模塊鑒定多肽基因組變異的應用 218
Pavel Sinitcyn, Maximilian Gerwien, and Jürgen Cox
第二十四章 真菌種群的非靶向代謝組學分析 224
Thomas E. Witte and David P. Overy
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