《石室秘錄》卷一至卷五上半部分，以治法為綱，依次列舉了一百二十八種治法。卷五下半部分論述了五行、臟腑、陰陽、晝夜、四時等十七論以及兒科診法等。卷六為傷寒、中寒、中暑、水濕、熱癥、燥癥、內傷七門，每門中分別論述了相關疾病的治法，以及血癥、腹痛、喉痛等十六種雜癥的治法。這種以治法為綱的編寫方法，是本書的主要特點。陳士鐸在他的這部書中總結和記錄了他的臨證經驗，具有很高的臨床指導價值。
卷一 禮集
正醫法
反醫法
順質醫法
逆醫法
內治法
夕卜治法
完治法
碎治法
大治法
小治法
偏治法
全治法
生治法
死治法
卷二 樂集
上治法
中治法
下治法
先治法
后治法
急治法
緩治法
本治法
末治法
不內外治法
陰治法
陽治法
假治法
真治法
男治法
女治法
虛治法
實治法
寒治法
熱治法
通治法
塞治法
解治法
斂治法
升治法
墮治法
開治法
閉治法
吐治法
泄治法
卷三 射集
卷四 御集
卷五 書集
卷六 數集
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