《微生物學實驗》第5 版仍遵循第3 版和第4 版的編寫指導思想和基本要求，并按照第4 版做法分成微生物學基本實驗技術和微生物學綜合型、研究型實驗兩大部分，但對其內容和形式均進行了更新和修訂。*部分包括：無菌概念和無菌操作，消毒滅菌，分離純化，顯微觀察，涂片染色，培養基及微生物培養，生理生化反應，快速微量檢測，基因突變，基因轉移，基因文庫構建，PCR 技術及其在鑒定細菌中的應用，免疫學的基本技術等。第二部分包括：高產蛋白酶（或其他代謝產物）菌株的篩選及其基因的克隆和表達，殺蟲微生物的分離，微生物產沼氣，水和食品的微生物檢測，酸乳、啤酒和泡菜的制作，人體表面正常菌群的分離鑒定，用互聯網和計算機輔助基因分析鑒定古菌和細菌，細菌系統發育樹的構建，發現和鑒定細菌新種，用來分離嚴格厭氧菌的滾管實驗等。其內容涉及微生物在工業、農業、環境、食品、醫學等領域的應用。
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